Ismail Kaygusuz'un Araştırma-Inceleme Kitapları:
*Onar Dede Mezarligi ve Seyh Hasan Onar, Arkeoloji ve Sanat Yayinlari, Istanbul, 1983.
*Musahiblik, Alev Yayinlari, Istanbul, 1991 (genisletilmis 2. Baski, Alev Yayinlari, Istanbul, 2004.)
*Alevilik'te Dar ve Pirleri, Alev Yayinlari, Istanbul, 1993.
*Alevilik Inanç Kültür ve Siyaset Tarihi I, Alev Yayinlari, Istanbul, 1995.
*Görmedigim Tanri'ya Tapmam, Genisletilmis 2. Baski, Su Yayinlari, Istanbul, 2009.
*Hünkâr Haci Bektas Veli, Alev Yayinlari, Istanbul, 1998.
*Alevilik, Diyanet Siyaset, Alev Yayinlari, Istanbul, 2004.
*Hasan Sabbah ve Alamut (Ögretisi, tarihi, felsefesi), Su Yayinlari, Istanbul, 2004.
*Anadolu Bilgeleri (Anadolu'yu aydinlatan düsün ve eylem adamlari), Su Yayinlari, Istanbul, 2005.
*Islam Imparatorluklarinda Iktidar Mücadeleleri ve ALEVILIGIN DOGUSU, Su Yayinlari, Istanbul, 2005.
*Müslümanlik ve Hiristiyanligin Inanç Ögretilerinde Öteki Gerçekler, Su Yayinlari, Istanbul, 2006.
*Abdal Musa Sultan ve Velâyetname, Karacaahmet Sultan Dernegi Yayinlari, Istanbul, 2008.
*Ibn Bezzaz Vehhab Rahman, Makalat-i Seyh Safi (Safvâtu's-Safa 4. Baba), Hazirlayan: Dr. Ismail Kaygusuz, Alevi Akademisi yayinlari, Ankara, 2009.
*Ummu'l Kitab, Bir Proto-Alevi Kaynagi Ummü'l Kitâb Hazirlayan: Dr. Ismail Kaygusuz, Demos Yayinlari, Istanbul, 2009